Römisch - Katholische Kirche. Die Johanniskirche wurde in der ehemaligen Johannisvorstadt, dem früheren Dorf Leutra (Liutdraha) errichtet. Sie war Pfarrkirche, diente aber auch als Begräbniskirche für Bestattungen auf dem 1307 erstmals urkundlich erwähnten Johannisfriedhof und gehört zu den ältesten Kirchenbauten Thüringens.
Der älteste Teil ist das um 1000 errichtete Chorquadrat mit spätottonischem Bauschmuck in der Ostwand. Dem romanischen Baukörper lassen sich das einschiffige Langhaus, die Sakristei, der Bauschmuck am Triumpfbogen und drei Rundbogenfenster zuordnen. Auch in 14., 15. und 16. Jh. wurde gebaut. Der Chor wurde überwölbt, Spitzbogenfenster und Sakramentsnische eingebaut. Nach der Reformation verfiel der Bau.
Durch Vermittlung des katholischen Geistlichen Dr. Gabriel Henry wurde 1808 eine Pfarrstiftung Napoleons I. eingerichtet. Diese diente der Wiederherstellung des Gebäudes. Ihr heutiges Erscheinungsbild erhielt die Johanniskirche durch Um- und Ausbaumaßnahmen 1903 / 04. Mit dem Bau der Straße nach Weimar 1938 wurde der Friedhofteil um die Johanniskirche aufgegeben. Das älteste erhaltene Jenaer Grabmal für die 1382 verstorbene Jutta Selber befindet sich jetzt im Inneren der Kirche.
um 1000 Bau des Chores
12. Jh. Errichtung einer romanischen Saalkirche
1596 - 1735 Nutzung als Begräbniskirche nach Instandsetzung
1822 Übergabe an die 1808 neugeründete katholische Gemeinde, Wiederherstellung und Weihe
1903 - 1904 Errichtung von Querhaus und Glockenturm
1957 - 1959 Sanierung mit Altarverlegung und Emporeneinbau
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