Begräbniskirche auf dem Johannisfriedhof war über die Jahrhunderte die alte Johanniskirche an der Wagnergasse. Als diese baufällig und zu klein wurde, errichtete man im späten 17. Jh. eine neue Kirche aus einheimischem Kalkstein mit achteckigem Turm im Osten und schlicht gegliedertem, fünfachsigem Langhaus nach Westen.
1938 wurde der Friedhofsteil um die Johanniskirche wegen Straßenbaumaßnahmen abgetrennt. Deshalb ist heute die barocke Kirche der einzige Kirchenbau auf der historischen Friedhofsanlage.
Herzog Ernst August von Sachsen - Weimar bestimmte die Friedhofskirche 1693 zur Garnisonskirche, denn inzwischen war für diese Funktion durch die Errichtung eines stehenden Heeres Bedarf entstanden. Den zweiten Weltkrieg überstand sie im Gegensatz zur Collegien- und zur Stadtkirche als einzige ohne starke Beschädigungen.
Sie wurde deshalb in der Nachkriegszeit besonders intensiv genutzt. In diese Zeit fällt die Namensgebung "Friedenskirche". Ihre Innenausstattung verdankt die Friedenskirche vor allem Veränderungen in der zweiten Hälfte des 18. Jh. und Renovierungen sowie Einbauten 1835 (Kanzel, Gestühl) und um 1888. Kunstgeschichtlich interessant sind die Epitaphien des ausgehenden 17. und frühen 18. Jh. sowie die Chorfenster von Fritz Körner aus der Nachkriegszeit.
1686 Baubeginn auf dem Johannisfriedhof als neue Gottesackerkirche während der Zeit des Herzogtums Sachsen - Jena (1672 - 1690), Baumeister: Johannes Mützel u.a.
1693 Einweihung als Johann - Georgs - Kirche nach dem Einsenacher Herzog Johann Georg I. (1634 - 1686)
1743 Übertragung an die Garnisonsgemeinde und Umbenennung in Garnisonskirche
1946 Benennung als Friedenskirche
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